Los lineamientos de Pampa Azul se establecen por medio de un Comité Interministerial integrado por representantes políticos y técnicos de los ministerios de Ciencia, Tecnología e Innovación; Relaciones Exteriores, Comercio Internacional y Culto; Agricultura, Ganadería, y Pesca; Turismo y Deportes; Defensa; Seguridad; y Ambiente y Desarrollo Sostenible.

Por otra parte, existen dos órganos asesores que contribuyen desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación (MINCyT) a llevar adelante los objetivos de Pampa Azul. Ellos son el Consejo Asesor Científico (CAC) y el Consejo Asesor Tecnológico (CAT), integrados por investigadoras e investigadores que fueron seleccionados siguiendo criterios de experticia, distribución geográfica federal y balance de género.

Adicionalmente, las áreas geográficas prioritarias de Pampa Azul cuentan con grupos de trabajo específicos. A su vez, el Comité Interministerial organiza, de considerar necesario, mesas temáticas ad hoc compuestas por representantes ministeriales de investigadoras e investigadores especialmente convocados por el MINCyT.