Dada la importancia que reviste la Iniciativa Pampa Azul, se creó dentro del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación (MINCyT) la Unidad Pampa Azul, que agrupa, define y articula las acciones inherentes a dicha iniciativa. Esta unidad pertenece al ámbito de la Subsecretaría de Coordinación Institucional dependiente de la Secretaría de Articulación Científico Tecnológica del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación. Su Coordinador General es el Subsecretario de Coordinación Institucional del citado Ministerio, Doctor Pablo Nuñez y el Coordinador Ejecutivo es el Doctor Juan Emilio Sala.
Su organización se realiza a través de dos espacios interministeriales: el Comité Interministerial y el Consejo de Administración.
El Comité Interministerial fue creado en 2014 y es donde se discuten los lineamientos técnico-políticos de la iniciativa, la planificación y el seguimiento de las actividades y donde se construyen los consensos necesarios para la gestión.
El Consejo de Administración fue creado en 2015 por Ley N° 27.167 que establece el Programa Nacional de Investigación e Innovación Productiva en Espacios Marítimos Argentinos – PROMAR, para generar un marco legal y coordinación entre los actores involucrados en la tarea de conocer y cuidar los espacios marítimos argentinos. Este Consejo es el responsable de la priorización de las actividades y la distribución de los recursos asignados por PROMAR a través de su fondo específico (FONIPROMAR). Desde aquí es desde donde se decide la ejecución de las distintas actividades que luego son gestionadas desde el MINCyT.
Ambos espacios están integrados por representantes políticos y técnicos de los ministerios de Ciencia, Tecnología e Innovación; Relaciones Exteriores, Comercio Internacional y Culto; Turismo y Deportes; Defensa; Seguridad; Ambiente y Desarrollo Sostenible y la Secretaría de Agricultura, Ganadería y Pesca del Ministerio de Economía. En el caso del Consejo de Administración se suma la representación de la Jefatura de Gabinete de Ministros.
Por otra parte, existen dos órganos asesores que contribuyen desde el MINCyT a llevar adelante las metas y objetivos de Pampa Azul. Ellos son el Consejo Asesor Científico (CAC) y el Consejo Asesor Tecnológico (CAT), integrados por investigadoras e investigadores que fueron seleccionados siguiendo criterios de experticia, origen institucional, distribución geográfica federal y balance de género.
Adicionalmente, las áreas geográficas prioritarias de Pampa Azul cuentan con grupos de trabajo específicos. A su vez, el Comité Interministerial organiza, de considerar necesario, mesas temáticas ad hoc compuestas por representantes ministeriales y de investigadoras e investigadores especialmente convocados por el MINCyT.