Las orientaciones generales de Pampa Azul son establecidas por un Comité Coordinador Interministerial, integrado por representantes del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación; el Ministerio de Relaciones Exteriores, Comercio Internacional y Culto; el Ministerio de Agricultura, Ganadería, y Pesca; el Ministerio de Turismo y Deportes; el Ministerio de Defensa; el Ministerio de Seguridad; y el Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible.

La iniciativa cuenta además con grupos de trabajo para llevar adelante las actividades planeadas.